1. "Wer ist Jane Doe?": Auf dem New Yorker Times Square wird eine herrenlose Reisetasche gefunden. Als das Bombenentschärfungsteam eintrifft, entsteigt eine nackte, am ganzen Körper tätowierte Frau dem Gepäckstück. Sie hat vergessen, wer sie ist und woher sie kommt. Kurt Weller vom FBI wird mit dem Fall betraut und erkennt schnell, dass die Tattoos eine Art Schatzkarte sind. Eines der Hautbilder führt Weller und die Jane Doe genannte Frau nach Chinatown, wo sie einem Bombenbauer auf die Spur kommen.
2. "Die Farben im Nacken": Jane erinnert sich in Flashbacks an ihr früheres Leben. Patterson gelingt es, ein weiteres Tattoo zu entschlüsseln: Es führt zu Major Arthur Gibson, einem ehemaligen Drohnenpiloten. Er wurde aus der Army entlassen. Nun will er sich an den USA rächen und damit die Menschen tötet, die er für seine Situation verantwortlich macht. Weller und Jane heften sich an seine Fersen.
3. "Vertraue niemandem": Der Unbekannte, der in Janes Wohnung eingedrungen ist, könnte Klarheit in ihren Fall bringen. Doch er wird erschossen, ehe er etwas sagen kann. Weller ist davon überzeugt, dass es sich bei Jane um die in seiner Kindheit verschwundene Taylor Shaw handelt. Um sicher zu gehen, veranlasst er einen DNA-Test. Auch die Bande, die kürzlich ein New Yorker Juweliergeschäft ausgeräumt hat, könnte wissen, wer Jane ist.
4. "Zweifel": Jane ist laut DNA-Test tatsächlich die verschwundene Taylor Shaw. Sie erhofft sich nun von Weller mehr Klarheit über ihre Identität. Patterson hat ein weiteres Tattoo entschlüsselt: Es führt zur Seuchenschutzbehörde. Die Wissenschaftler finden heraus, das Jane auch im Gesicht Tattoos hat - es handelt sich um Referenznummern, unter denen Proben mit den tödlichsten Krankheitserregern der Welt gelagert werden. Und genau diese Proben fehlen im Archiv.
5. "Radioaktiv": PattersonsTest hat ergeben, dass Jane doch nicht Taylor Shaw ist. Das will Weller nicht so einfach hinnehmen. Ein weiteres Tattoo führt das FBI in ein Gebäude der Stadtverwaltung. Dort findet gerade eine Geiselnahme statt, die blutig zu werden droht. Doch irgendetwas stimmt an der Szenerie nicht.
6. "Die Eule": Jane hatte zum ersten Mal einen Traum: Sie schlief mit einem Mann, der einen Baum auf den Unterarm tätowiert hatte. Doch wer ist dieser Mann? Unterdessen wird ein tödlicher Anschlag auf einen saudischen Prinzen verübt. Das FBI findet heraus, dass sein Auto mit einer speziellen Tracker-Software geortet wurde. Die Spur führt zur Hackerin Ana Montes die behauptet, für die NSA zu arbeiten. Doch sie erlebt eine böse Überraschung - ebenso das FBI.
7. "Saul Guerrero": Ein weiteres von Janes Tattoos führt Weller und das Team nach Draclyn, Michigan. Die Stadt wird von Gesetzlosen beherrscht, mit denen selbst der Sheriff gemeinsame Sache macht. Dort hält sich Saul Guerrero versteckt, der einst FBI-Informant war und dann untertauchte. Die Verhaftung des Mannes verläuft alles andere als problemlos.
8. "Daylight": Weller und sein Team nehmen es mit korrupten Polizisten in einem New Yorker Revier auf: Die Beamten erpressen Prominente mit pikanten Aufnahmen ihrer Bodycams. Es wird klar, was es mit dem Projekt "Daylight" auf sich hat, in das Mayfair verwickelt ist.
9. "Rich Dotcom": Ein weiteres Tattoo auf Janes Haut wird entschlüsselt und weist darauf hin, dass ein hochbrisantes Dokument gestohlen wurde: Es geht um eine Liste mit rund 2.000 Teilnehmern des Zeugenschutzprogramms.
10. "Die Mission": David und Patterson sind einem russischen Agentenring auf die Schliche gekommen. Unwissentlich haben sie mit dem Fund des Code-Buches in der Bibliothek die letzte Phase der Mission der Agenten eingeläutet: Sie wollen jeden ausschalten, der in den USA politisch gegen Russland agiert.
11. "Flug PA 921": Weller uns sein Team reisen zum Schwarzen Meer: Eines von Janes Tattoos weist darauf hin, dass Terroristen dort einen Angriff auf das Kommunikationssystem der US-Army planen, indem sie Mikro-Satelliten ins All schießen. Zu diesem Zweck haben sie ein Flugzeug entführt und die Passagiere als Zwangsarbeiter für die Produktion der Mikro-Satelliten eingesetzt. Jane erfährt ein entscheidendes Detail über ihre Vergangenheit.
12. "ZIP": Der Soldat Charlie Napier erschießt drei Kameraden - dabei wurde er die ganze Zeit für tot gehalten. Da sich sein Name auf Janes Haut findet, starten Weller und sein Team die Ermittlungen. Napier ist Teil eines grausamen Experiments: An ihm wird derselbe Stoff getestet, der auch Janes Gedächtnisverlust verursacht hat. Das Medikament soll helfen, neue Supersoldaten zu designen.
13. "Verdächtigungen": Beim FBI gibt es einen Maulwurf. Jonas Fischer von der Dienstaufsichtsbehörde nutzt die Angelegenheit, um Mayfair von ihrem Posten zu vertreiben und die Leitung des New Yorker Büros zu übernehmen. Er ist fest entschlossen, den Verräter zu stellen und fühlt allen in Wellers Team auf den Zahn.
14. "Nur 36 Stunden": Vor sieben Jahren wurde die junge mexikanische Sängerin Paloma Diaz tot auf einer Straße in Queens gefunden. Ihr Freund Ronny Vargas wurde wegen Mordes zum Tode verurteilt, beteuerte aber immer seine Unschuld. Nun soll er hingerichtet werden. Doch Wellers Team will beweisen, dass er tatsächlich nichts mit Palomas Tod zu tun hatte. Dafür müssen die Ermittler einen Menschenhändlerring unschädlich machen.
15. "Die brennende Rose": Als in einer Galerie ein Bild gestohlen wird, das genauso aussieht wie eines von Janes Tattoos, beginnt Wellers Team in den Ausstellungsräumen zu ermitteln. Während der Tatortbegehung explodiert eine Bombe, Weller wird schwer verletzt. Das Team sucht nach weiteren Hinweisen auf den Täter, was sie zum Urheber des Bildes führt - der es eigentlich auf Jane abgesehen hat, wie sich herausstellt. Um ihre Kollegen zu schützen, taucht sie unter.
16. "Alte Liebe": Ein Saringas-Transport wird überfallen. General Sheridan, Leiter der Chemiewaffenbehörde bunkert heimlich das Nervengas, da er die Abrüstungspläne der USA nicht unterstützt. Er verkauft kleinere Mengen nach Südkorea. Doch auch die Transportfirma zieht Profit aus der Chemikalie: Sie verkauft Saringas an Nordkorea. Nun wollen die Nordkoreaner mit dem Gas einen Anschlag in New York verüben!
17. "Schatzsuche": Kurz vor Davids Tod hat er zur Feier ihres Jahrestages einen Tisch für sich und Patterson in deren Lieblings-Restaurant reserviert. Patterson erfährt durch einen Anruf des Lokals davon. Auf Anraten ihres Psychologen nimmt sie die Reservierung wahr - und macht eine Erfahrung, die sie beinahe das Leben kostet.
18. "Meisterdiebe": Der Kriminelle Rich Dotcom bietet Weller und seinem Team an, sie bei der Ergreifung des Terror-Finanziers Sho Ahktar zu unterstützen. Der Mann soll mit gestohlenen Gemälden geködert werden, die aus dem Gardner Museum geraubt wurden. Dotcom kennt den Kunsträuber und kann die Bilder beschaffen. Weller lässt sich auf den Deal ein und lockt Ahktar zu einer exklusiven Party, auf der er gefasst werden soll. Doch dann läuft alles aus dem Ruder.
19. "Vier Blickwinkel": Weller und sein Team ermitteln an der Hudson University im Fall Levi Hart. Der Footballer soll Drogen genommen haben und flog deswegen aus der Mannschaft. Harts Fall ist nicht der erste an der Hochschule, und die Ermittlungen gestalten sich schwierig, da die Universitäts-Präsidentin Weller ein Gespräch mit dem Football-Coach untersagt. Dann eskaliert die Situation auf dem Campus, und Weller und seinTeam haben es plötzlich mit einem Amoklauf zu tun.
20. "Gezeichnet": Die autistische Maya wird schwer verletzt in eine Notaufnahme gebracht, nachdem sie in den Straßen von Chelsea umherirrte. Die Ärzte verständigen Weller, da Maya nur über ihre Zeichnungen kommunizieren kann. Ein Motiv findet sich auf Janes Haut: Es ist das Wappen der Familie Ahmadi, die die Drahtzieher des Terrors in Syrien sind. Außerdem hat Maya den Journalisten Jeremy Rance porträtiert. Weller erkennt bald den Zusammenhang zwischen den Zeichnungen.
21. "Eingeschlossen": Das gesamte FBI-Gebäude wird abgeriegelt - scheinbar eine Notfallübung. Wellers Team ist an unterschiedlichen Bereichen des Büros eingeschlossen, sodass eine Kommunikation schwierig ist. Patterson findet heraus, dass es sich um einen Hackerangriff handelt.
22. "Phase Eins": Der Krankenpfleger Edward Donella legt ein mit einem Strichcode gekennzeichnetes Baby vor einem Gebäude ab. Als er befragt werden soll, wird er erschossen. Wie sich herausstellt, ist das Neugeborene die Enkelin des steinreichen Geschäftsmannes Peter Warren. Je näher Weller und sein Team der Wahrheit kommen, desto erschütternder wird der Fall. Mayfair steht inzwischen unter Hausarrest und soll ihres Postens enthoben werden. Doch das will sie mit allen Mitteln verhindern.
23. "Phönix aus der Asche": Reade, Patterson und Zapata versuchen Mayfair zu finden. Sie dringen in ihre versiegelte Wohnung ein und finden den USB-Stick - doch die Informationen sind verschlüsselt. Weller macht eine grausige Entdeckung. Jane ist fest entschlossen, Oscar zu fassen und seine gefährlichen Pläne zu durchkreuzen.