1. "Smokey Putnum (Nr. 30)": Liz und Reddington jagen einen Mann namens Smokey Putnam, der 2 Mio. $ eines Karneval Unternehmens veruntreut haben soll und auf den nun ein Kopfgeld ausgesetzt ist. Doch die beiden werden von einem Drogenkartell angegriffen, das über die Firma Geld waschen wollte, welches Putnam veruntreut hat.
2. "Greyson Blaise (Nr. 37)": Reddington, Liz und Cooper verfolgen einen Schmuckdieb namens Greyson Blaise. Reddington will ihn jedoch nicht wirklich verhaften, sondern für sein Imperium rekrutieren. Durch eine geschickte Täuschung gelingt es Reddingotn, Greyson festzunageln. Tom sucht nach Dennison, um die Identität der mysteriösen Leiche aus dem Koffer zu klären. Doch Red kommt ihm zuvor und tötet Dennison. Allerdings bekommt Tom einen Hinweis zur Leiche, das Wort "Oleander".
3. "Rebecca Thrall (Nr. 76)": Liz ist einem Unternehmen namens Waterday auf der Spur, das mit Auftragsmorden Konkurrenten beseitigen lässt. Reddington erhält den Auftrag, einen gewissen Rivera mit Waffen zu beliefern, doch fehlt Reddington das Geld, die Waffen zu besorgen. Durch einen geschickten Coup kann Reddington mit Hilfe von Tom die Waffen organisieren und ausliefern. Ein Doktor Pete soll Tom dabei helfen, die Identität der Leiche aus Reddingtons Koffer herauszufinden.
4. "Der Endling (Nr. 44)": Reddington entwickelt ein neues Geschäftsmodell für sein Imperium. Er will ein Hotel in eine Art "Safe House" für Kriminelle verwandeln, was ihm Geld und das Vertrauen der Unterwelt einbringen würde. Liz ermittelt auf einer Pferderennbahn wegen eines getöteten Pferdes. Nick, der ebenfalls versucht mehr über die Leiche aus Reds Koffer herauszufinden, wird von einem Unbekannten ermordet, der den Koffer an sich nimmt.
5. "Ilyas Surkov (Nr. 54)": Liz jagt einen Terrorverdächtigen namens Ilyas Surkov, der für einen Bombenanschlag verantwortlich sein soll. Tom vertraut sie an, dass sie glaubt, Reddington sei für die Ermordung von Nick verantwortlich.
6. "Die Reiseagentur (Nr. 90)": Liz erhält Insiderinformationen von Reddington, dass eine Organisation namens "The Travel Agency" den Mord an Mitchell Dunning plant. Doch bevor Liz und Navabi Dunning in Sicherheit bringen können, wird dieser vor seiner Haustür erschossen. Reddington setzt Tom unter Druck und verspricht, dass noch mehr Leute sterben werden, falls er seinen Koffer nicht zurück bekomme. Doch Tom bleibt entschieden, Reddington auffliegen zu lassen.
7. "Familie Kilgannon (Nr. 48)": Liz und Reddington untersuchen gemeinsam einen Fall bei dem mehrere illegale Einwanderer ertrunken sind. Reddington, der gute Verbindungen zum Schmugglerring hat, versucht mit dem Kopf der Bande, "The Irishman", einen Deal auszuhandeln. Doch er wird vorher umgebracht. Reddington erhält einen Anruf, dass Tom verschwunden ist.
8. "Ian Garvey (Nr. 13) - Teil 1": Liz findet heraus, dass Tom verschwunden ist, doch Reddington ist dem Entführer schon längst auf der Spur. Ian Garvey, der Entführer, versucht mit Tom als Druckmittel ein Treffen mit Reddington zu arrangieren. Doch Tom kann fliehen und will sich schwer verletzt mit Liz treffen, um ihr zu berichten, was die DNA-Proben der Knochen aus Reddingtons Koffer ergeben haben. Aber Garvey kommt den beiden zuvor. Reddington ist der Einzige, der Liz und Tom jetzt noch retten kann.
9. "Untergang": Nach dem brutalen Mord an Tom gibt Liz ihr altes Leben auf und sucht einen Neuanfang an einem geheimen Ort irgendwo in Alaska. Hier kennt niemand ihre Geschichte, ihren Namen oder die Abgründe ihrer Trauer. Doch als eine unerwartete Bedrohung sie in einen erbarmungslosen Überlebenskampf zwingt, muss Liz sich auf ihre alte emotionale und körperliche Stärke stützen, um zu überleben.
10. "Der Informant (Nr. 118)": Als Reddington die Task Force anleitet, eine Person auf der Blacklist zu finden, die ihre Machtposition dazu nutzt, sensible Informationen an den Meistbietenden zu verkaufen, sieht sich Ressler dem Risiko ausgesetzt, sein doppeltes Spiel aufzudecken. Liz plant den nächsten Schritt, um die Mörder von Tom zu finden und zur Strecke zu bringen.
11. "Abraham Stern (Nr. 100)": Als Reddington sich auf die Jagd nach einem Schatz macht, zieht er die Aufmerksamkeit von Abraham Stern auf sich. Dieser ist ein gerissener Manipulator, der sein Leben und das Leben vieler Unschuldiger aufs Spiel setzt. Liz befindet sich auf einem dunklen Pfad, der sie dazu bringt, die Methoden eines der gefährlichsten Verbrecher der Blacklist zu studieren.
12. "Der Koch (Nr. 56)": Als Liz mit Reddington zusammenarbeitet, beginnt sie seine Motive zu hinterfragen, da er zunehmend in seine alte kriminelle Vergangenheit zurückfällt. Die Task Force holt die Hilfe eines Brandstifters ein, um einen anderen zu fangen.
13. "Die unsichtbare Hand (Nr. 63)": Als Leichen in einem verlassenem Waldstück entdeckt werden, liefert Reddinton der Task Force Informationen über eine Organisation namens "Die unsichtbare Hand". Eine Gruppe, die sich gegen diejenigen richtet, deren Handlungen moralisch verwerflich, aber völlig legal sind. Reddington springt ein, um einen seiner Angestellten zu unterstützen und Liz entdeckt einen wichtigen Hinweis in ihren Ermittlungen an Toms Mord.
14. "Mr. Raleigh Sinclair III (Nr. 51)": Reddington bringt die Task Force auf "Das Alibi", einen Mann, der seinen Kunden perfekte Alibis verschafft. Dazu findet er Doppelgänger, die zum Tatzeitpunkt die genaue Routine des Mörders nachahmen, so dass später Zeugen aussagen, ihn nicht am Tatort gesehen zu haben. Die Task Force kommt ihm auf die Schliche und verhindert einen Mord, doch Reddington entführt "Das Alibi", um ihn vor dem FBI zu schützen und dafür Gefallen von ihm einfordern zu können.
15. "Pattie Sue Edwards (Nr. 68)": Während die IRS Reddingtons Unternehmen auf den Kopf stellt, um ihn wegen Steuerbetrug zu überführen, ist Liz dem Nash Syndikat auf der Spur. In New York brechen eine Reihe seltsamer Krankheiten aus, für die Pattie Sue Edwards, eine Biochemikerin, verantwortlich ist.
16. "Der Steinbock-Killer (Nr. 19)": Ein Zeuge bestärkt Liz in ihren Vermutungen, Garvey habe Tom getötet. Reddington sieht sich gezwungen einzugreifen und besagten Zeugen aus dem Weg zu räumen. Liz und das FBI werden mit einem Fall betraut, in dem ein Serienkiller handgemachte Schwerter benutzt, um seine Opfer zu töten. Doch dieses Mal wurden handelsübliche Waffen benutzt.
17. "Anna-Gracia Duerte (Nr. 25)": Anna-Garcia Duerte ist eine 16-jährige Mörderin, die zwangsverheiratet wurde und nach zwei Jahren Missbrauch ihren Mann tötete. Sie hat es sich zur Aufgabe gemacht, Leidensgenossinnen zu helfen. Liz und Reddington bekommen in einem besonders brisanten Fall Unterstützung von ihr. Reddington sieht die Chance, durch sie an ein Druckmittel gegen Garvey zu kommen.
18. "Zarak Mosadek (Nr. 23)": Um Macht über Garvey zu erlangen, sucht Reddington nach Zarak Mosadek. Dieser ist ein Opiumzüchter aus Afghanistan und ebenfalls mit dem Nash Syndikat verbunden. Dank eines ausgeklügelten Plans gelingt es Reddington, Mosadek in Paris in eine Falle zu locken und zu verhören. Es stellt sich heraus, dass sein Sohn von den Taliban entführt wurde. Im Austausch für die Sicherheit seines Sohnes soll Mosadek Reddington versprechen, seine Verbindung zu Garvey kappen.
19 "Ian Garvey (Nr. 13) - Teil 2": Damit Mosadek seine Geschäfte mit Garvey ungestört fortsetzen kann, soll sich Garvey zunächst mit Reddington treffen. Liz verwanzt Jennifers Jacke und erfährt, dass Garvey plant, Reddington zu töten. Um Garveys Plan zu vereiteln, wendet sich Reddington an Raleigh Sinclair. Dieser lässt sich als Garvey-Double verkleidet auf ein Treffen mit Modasek ein und es kommt zu einer schockierenden Wendung.
20. "Nicholas T. Moore (Nr. 110)": Die junge Maybelle wird verstört am Straßenrand gefunden. Sie glaubt, dass etwas namens Ollo hinter ihr her ist. Als das FBI den Fall übernimmt, finden die Agenten heraus, dass Maybelles Wahnvorstellungen auf einem Buch aus den Siebzigern basieren. Als Maybelle auch noch aus dem Krankenhaus entführt wird, nehmen Samar und Liz die Verfolgung auf. Doch wird Samar bei dem Versuch ebenfalls gekidnappt, worauf Liz Reddington um Hilfe bittet.
21. "Lawrence Dane Devlin (Nr. 26)": Während Reddington auf der Jagd nach den Knochen Garvey zu einem Auktionshaus folgt, versucht das FBI die immer noch die entführte Samar zu befreien. Aram findet heraus, dass es sich bei dem Entführer um einen gewissen Lawrence Devlin handelt, ortet dessen Handy und nimmt die Verfolgung auf. Samar wird zu einem Feld verschleppt, wo Lawrence plant, sie zu töten. Samar kann sich befreien, aber gerät bei ihrer Flucht in Lebensgefahr.
22. "Sutton Ross (Nr. 17)": Reddington und Liz sind auf der Jagd nach Sutton Ross, der im Besitz der Tasche mit den Knochen ist. Dabei finden sie zunächst raus, dass er und seine Helfer Ravai Desai gekidnappt haben. Dieser arbeitet am sogenannten Maxwell Project, bei dem es um Roboter geht, die Menschen dabei helfen, in gefährliche Gegenden zu gelangen. Nachdem das FBI Ross dazu bekommt, ihnen Desai auszuhändigen, gelingt es Ross mit Liz zu flüchten.