1. "Klonkadetten": Fünf eigenwillige Klone absolvieren ein Training auf Kamino. Sie sollen als Team zusammenarbeiten, doch ihre Starrsinnigkeit bereitet ihnen große Probleme.
2. "Arc-Soldaten": Anakin und Obi-Wan machen sich auf den Weg zum Planeten Kamino, um die Separatisten aufzuhalten.
3. "Nachschubewege": Ryloth befindet sich im Belagerungszustand. Während Ima-Gun Di mit seinen Truppen gegen die Feinde kämpft, setzt der Rat der Jedi alles daran, Hilfe zu organisieren.
4. "Einflussbereiche": Papanoidas Töchter werden entführt und gegen Lösegeld festgehalten. Ahsoka, der Senator von Pantora und Riyo Chuchi arbeiten zusammen, um Papanoida zu helfen.
5. "Korruption": Herzogin Satine hat Mandalore in die Neutralität geführt. Seitdem findet sie kaum noch Unterstützung im Volk. Auf dem Planeten herrscht blanke Verzweiflung - lebensnotwendige Güter sind nur noch auf dem Schwarzmarkt erhältlich. Um die Spannungen zu entschärfen, lädt Satine Senatorin Padmé Amidala zu einem Treffen. Schon bald kommen Satine und Padmé dunklen Machenschaften auf die Spur.
6. "Die Akademie": Der friedliche Planet Mandalore befindet sich im Würgegriff der Korruption. Herzogin Satine wendet sich in ihrer Not an den Rat der Jedi. Ahsoka erhält den Auftrag, Kadetten auf Mandalore zu unterrichten, um der Korruption endlich Einhalt zu gebieten.
7. "Attentäter": Padawan Ahsoka Tano wird von wiederkehrenden Visionen gequält. Sie ist davon überzeugt, dass Aurra Sing noch am Leben ist und Senatorin Padmé Amidala nach dem Leben trachtet. Ahsoka begleitet die Senatorin auf ihre Reise zu Bail Organas Konferenz, um sie zu beschützen.
8. "Böse Absichten": Während sich der Rat der Jedi auf das Kriegsgeschehen konzentriert, verbreiten Verbrecher Angst und Schrecken. Jabba der Hutte setzt den Kopfgeldjäger Cad Bane auf C-3PO an und lässt ihn entführen. Als sich herausstellt, dass der Droide über keinerlei brauchbaren Informationen verfügt, verlagert sich Banes Aufmerksamkeit auf R2-D2.
9. "Die Jagd nach Ziro": Cad Bane befreit Ziro den Hutten aus dem Gefängnis. Im Gegenzug soll Ziro belastende Informationen über die ruchlosen Taten des Rates übergeben. Mit Hilfe von Sy Snootles gelingt Ziro die Flucht. Schon bald ist ihm nicht nur Bane auf den Fersen - auch Obi-Wan Kenobi und Quinlan Vos sind hinter ihm her.
10. "Helden auf beiden Seiten": Die gesamte Galaxis droht im Sumpf des Krieges zu versinken, die Republik steht kurz vor dem Bankrott. Der Senat verhandelt einen neuen Gesetzesentwurf für neue Kreditrichtlinien zur Finanzierung des Krieges. Padmé und Ahsoka machen sich heimlich auf den Weg hinter die feindliche Linien, um eine Einigung mit den Separatisten zu erzielen.
11. "Das Streben nach Frieden": Die Verhandlungen zwischen der Republik und den Separatisten werden durch ein Druiden-Selbstmordattentat erschüttert. Der Senat verabschiedet ein Gesetz zur Deregulierung der Banken, um die Verstärkung der Truppen zu sichern. Padmé, Bail Organa und Onaconda Farr setzen sich gegen das neue Gesetz zur Wehr. Das macht die drei zur nächsten Zielscheibe.
12. "Schwestern der Nacht": In einem erbitterten Kampf im Sullust-System stehen sich republikanische und separatistische Armeen gegenüber. Asajj Ventress, Count Dookus hinterlistige Attentäterin, führt den Angriff an. Darth Sidious zeigt sich über Ventress' wachsende Macht besorgt. Er befiehlt Count Dooku, die Attentäterin auszuschalten. Als die Ermordung fehlschlägt, kehrt Ventress zum Orden der Nachtschwestern zurück - und sinnt nach Rache.
13. "Monster": Mit Hilfe ihres Clans, den Schwestern der Nacht, plant Asajj Ventress einen Anschlag. Durch eine Täuschung glaubt Dooku, dass ihm die Jedi nach dem Leben trachten, und wirbt die Schwestern für seinen Rachefeldzug an.
14. "Hexen des Nebels": Mysteriöse Todesfälle halten den Rat der Jedi in Atem. Anakin und Obi-Wan erhalten den Auftrag, den brutalen Mörder zu finden und auszuschalten. Noch ahnt niemand, dass Savage Opress die Bildfläche betreten hat.
15. "Wächter der Macht": Eine geheimnisvolle Kraft zieht Anakin, Obi-Wan und Ahsoka zu einem weit entfernten Planeten. Auf Mortis erfährt Anakin von seinem Schicksal: Er soll für Gleichgewicht zwischen der hellen und der dunklen Seite sorgen.
16. "Altar of Mortis": Bevor es den Jedi gelingt, Mortis zu verlassen, entführt der Sohn Ahsoka. Er versucht, Anakin auf seine Seite zu ziehen, um mit vereinten Kräften gegen den Vater und die Schwester anzutreten. Doch Anakin weigert sich, der dunklen Seite zu folgen.
17. "Vergessene Zukunft": Obi Wan, Anakin und Ahsoka sitzen auf dem Planeten Mortis fest. Die drei sind zwischen die Fronten von Gut und Böse geraten. Der Sohn versucht, Anakin auf seine Seite zu ziehen und zeigt ihm Bilder aus seiner dunklen Zukunft. Anakin muss sich die Frage stellen, wer er wirklich ist.
18. "Die Zitadelle": Auf dem Rückweg von einer gefährlichen Mission im äußeren Rand wird Meister Even Piell gefangen genommen. Da er wichtige Informationen über einen geheimen Hyperraumweg besitzt, haben ihn die Truppen der Separatisten am Leben gelassen. Um Piell aus dem tödlichen Gefängnis, der Zitadelle, zu befreien, begeben sich die Jedi auf geheime Mission. Bisher konnte noch nie jemand aus der Zitadelle entfliehen.
19. "Gegenangriff": Bei der Flucht aus der Zitadelle müssen sich die Jedi trennen, um den Separatisten die Verfolgung zu erschweren. Schnell wird klar, dass das Gefängnis weit mehr Fallen und Gefahren birgt, als angenommen.
20. "Opfer und Ehre": Anakin, Obi Wan, Ahsoka, Captain Tarkin und Even Piell irren immer noch durch die Zitadelle auf Lola Sayu. Während ihnen Osi Sobeck dicht auf den Fersen ist, bereiten die Jedi eine Rettungsmission vor.
21. "Padawan vermisst": Im äußeren Rand herrscht das blanke Chaos. Der Planet Felucia ist in eine Schlacht zwischen Republikanern und Separatisten verstrickt. Unter Anakin Führung wagen Klonpanzerdivisionen einen Vorstoß in das von Separatisten kontrollierte Gebiet. General Grievous schickt Verstärkung, um seine Macht zu sichern.
22. "Ein Wookiee schlägt zurück": Ahsoka wurde gefangen genommen und in einem unwirtlichen Dschungel als Freiwild ausgesetzt. Während Anakin verzweifelt nach seiner Schülerin sucht, heften sich blutrünstige Verfolger an Ahsokas Fersen. Die trandoshanischen Jäger wollen Rache.