"Die aufgelöste Braut" (X-Mas Special): Nach der Trennung von seiner letzten Begleiterin Rose Tyler ist der Doktor emotional ziemlich angeschlagen, doch es ist ihm nicht vergönnt, einfach mal auszuspannen: Denn plötzlich materialisiert in der Kommandozentrale der TARDIS eine Frau im Hochzeitskleid. Donna Noble, so ihr Name, ist verständlicherweise aufgebracht über die vermeintliche "Entführung" durch den Doktor. Der ist gern bereit, die ziemlich resolute Dame ihrem Bräutigam zurückzubringen - doch auf dem Weg dorthin erfährt er, dass Donna der Schlüssel ist, um eine drohende außerirdische Invasion abzuwehren.
1. "Einmal Mond und zurück": Während einer Undercover-Aktion im Londoner Royal Hope Hospital lernt der Doktor die smarte Medizinstudentin Martha Jones kennen. Ihre Unterstützung kann er bestens gebrauchen, als das gesamte Hospital von außerirdischen Söldnern auf den Mond gebeamt wird. Die ungewöhnliche Maßnahme dient dazu, einen gefährlichen Alien-Vampir zu isolieren, der in den verwinkelten Gängen des Krankenhauses sein Unwesen treibt. Um Patienten und Ärzte vor den grobschlächtigen Söldnern zu retten, versucht der Doktor, den Vampir selbst unschädlich zu machen.
2. "Der Shakespeare Code": Der Doktor und Martha Jones landen im London des Jahres 1599, um Englands Dichter-Legende William Shakespeare zu retten. Der wird von den außerirdischen Carrioniten drangsaliert, die ihn zwingen wollen, sein Theaterstück "Love's Labour's Won" zu vollenden. Wie sich herausstellt, nutzen die Carrioniten Worte wie Zaubersprüche - und Shakespeares geniale Dichtungen sind die stärksten Zauber, die überhaupt vorstellbar sind! Wie nicht anders zu erwarten, wollen die Aliens diese Macht für böse Zwecke missbrauchen.
3. "Festgefahren": Der Doktor macht mit Martha einen Ausflug ins Jahr 5.000.000.043. In New New York auf dem Planeten Neue Erde steht ihn eine absonderliche Entdeckung bevor: Eine Autobahn, die durch hunderttausende Schwebewagen derart verstopft ist, dass die Benutzer schon für kürzeste Strecken mehrere Monate oder sogar Jahre benötigen. Zu allem Überfluss lauert auf der Überholspur eine Rasse hungriger Krabbenmonster, die immer wieder einzelne Autos auf Nimmerwiedersehen verschwinden lassen. Bevor der Doktor darangehen kann, das Mysterium aufzuklären, wird Martha von einem bewaffneten Pärchen entführt.
4. "Daleks in Manhattan": Zurück aus der fernen Zukunft, legen der Doktor und Martha einen Zwischenstopp im New York des Jahres 1930 ein. Hier kommen sie bald einem Fall auf die Spur, der die kriminalistischen Instinkte des Doktors weckt: Auffallend viele Menschen sind in letzter Zeit in der Metropole verschwunden. Wie sich herausstellt, stecken alte Feinde des Doktors dahinter: Die Daleks, schwächliche Mutanten, die sich ausschließlich in ihren schwer bewaffneten Panzerfahrzeugen fortbewegen können. Sie planen, starke Hybriden aus menschlichen und Dalek-Genen zu erschaffen, um das Überleben der Daleks zu sichern.
5. "Evolution der Daleks": Dem Doktor und seinen Freunden gelingt es, aus der Gefangenschaft der Daleks zu entkommen. Diese haben in der Zwischenzeit ihren Plan verwirklicht und einen Hybriden aus Mensch und Dalek erschaffen: Das Ergebnis ist Dalek Sec - ein Wesen, in dem sich die enorme Intelligenz der Daleks mit der menschlichen Fähigkeit zur Emotion verbindet. Sec plant, die Daleks nach seinem Bilde neu zu erschaffen, um seine Rasse so vor der drohenden Selbstzerstörung zu retten. Der Doktor hegt durchaus Sympathie für dieses Ansinnen, doch die übrigen Daleks sind Secs Plänen gegenüber mehr als skeptisch.
6. "Der Preis der Jugend": Eigentlich möchte der Doktor nur Martha wieder in ihrer Wohnung absetzen, doch dann kommt ihm die TV-Ansprache des größenwahnsinnigen Dr. Lazarus dazwischen. Der kündigt an, neu definieren zu wollen, was es heißt, ein Mensch zu sein. Wie sich herausstellt, plant Lazarus, sich und seinen vermögenden Kunden durch DNA-Manipulation ewige Jugend und Schönheit zu verschaffen. Dummerweise geht bei der Erprobung der Wunderkur etwas schief - und Lazarus verwandelt sich in ein blutrünstiges, skorpionartiges Monster. Nur der Doktor und Martha können das Biest noch stoppen.
7. "42": Der Doktor und Martha Jones betätigen sich als interplanetare Verkehrswacht - und eilen der Besatzung eines Raumfrachters zu Hilfe, der steuerlos auf einen Stern zutreibt. Den beiden bleiben nur 42 Minuten, bevor das Schiff in der Hitze der Sonne verglüht. Als wäre dieses Zeitlimit noch nicht schlimm genug, bekommen sie es auch mit einer mysteriösen Macht zu tun, die den Crewmitgliedern nach dem Leben trachtet.
8. "Die Natur des Menschen": Der Doktor wird von der "Blutfamilie" verfolgt,
geisterhaften Wesen, die sich seines Körpers bemächtigen wollen. Er entkommt auf die Erde des Jahres 1913, wo er sich einer schmerzhaften Verwandlung unterzieht, um seine Verfolger endgültig abzuschütteln: Dabei wird nicht nur seine DNA neu geschrieben, sondern auch seine Erinnerungen. Drei Monate muss er so ausharren, bis alle Mitglieder der Blutfamilie das Ende ihrer kurzen Lebenszeit erreicht haben werden. Fortan lebt und lehrt der Doktor als "John Smith" an einer Jungenschule, während Martha die treusorgende Schulkrankenschwester mimt.
9. "Blutsbande": Die Ankunft der "Blutfamilie" in England scheint den Fluss der Zeit durcheinander gebracht zu haben - denn der Erste Weltkrieg beginnt bereits im Jahr 1913! Schlimmer noch: die Familie nimmt das Dorf ins Visier, in dem sich der Doktor versteckt hält, und greift mit einer Armee zum Leben erweckter Vogelscheuchen an. Der Doktor, der dank seiner perfekten Tarnung als Lehrer John Smith nicht ahnt, dass er ein Timelord ist, kann nichts zur Verteidigung des Dorfes beitragen. So müssen seine Begleiterin Martha und die beherzte Schulschwester Joan Redfern das Heft selbst in die Hand nehmen.
10. "Nicht blinzeln": Im Jahr 2007 stromert die junge Sally Sparrow mit ihrer Freundin Kathy durch ein abbruchreifes Haus, um nach Fotomotiven zu suchen. Dabei stoßen sie auf ominöse Engelsstatuen - und kaum hat Sally sich kurz umgedreht, ist Kathy plötzlich spurlos verschwunden. Aus einem Brief, den ihr ein junger Mann kurz darauf überbringt, erfährt Sally, dass ihre Freundin sich in den 1920er Jahren wiederfand und in der Gegenwart des Jahres 2007 längst tot ist. Auf Umwegen bringt Sally in Erfahrung, dass ihre Freundin Opfer der "weinenden Engel" wurde. Sally muss die Monster unschädlich machen.
11. "Utopia": Die TARDIS landet in Cardiff, um am dortigen Wurmloch "aufzutanken". Kurz bevor sie wieder dematerialisiert, taucht Captain Jack Harkness auf, klammert sich an der Hülle des Zeitmaschine fest und sorgt so dafür, dass sie im Jahr 100 Trillionen landet. Der Doktor ist höchst verwundert über das rüde Verhalten seines ehemaligen Begleiters - doch Jack hat dafür gute Gründe: In dieser fernen Zukunft arbeitet der mysteriöse Professor Yana daran, die letzten Überbleibsel der Menschheit vor dem sicheren Untergang zu retten - doch auch ein alter Feind des Doktors mischt dabei mit.
12. "Der Klang der Trommeln": Das Vereinigte Königreich hat einen neuen Premierminister - dummerweise handelt es sich bei "Harol Saxon" um den inkarnierten "Master" - und der Erzfeind es Doktors führt selten Gutes im Schilde. Zum Glück ist es dem Doktor, Martha und Jack trotz des Verlustes der TARDIS gelungen, aus dem Jahr 100 Trillionen zurückzukehren. Allerdings stehen die drei dank des neuen Premierministers auf der Liste der meistgesuchten Kriminellen. Nicht gerade die beste Voraussetzung, um die Weltherrschaftspläne des Masters zu verhindern.
13. "Der letzte Time Lord": Ein Jahr ist vergangen, seit der Master mit Hilfe der sechs Milliarden Mann starken Armee der "Toclafane" die Herrschaft über die Erde an sich gerissen hat. Während der Doktor in der Gefangenschaft des Masters vor sich hin vegetiert, organisiert Martha - gut getarnt durch den zum Wahrnehmungsfilter umgebauten TARDIS-Schlüssel - den Widerstand gegen das Terrorregime. Mit Unterstützung des Arztes Thomas Milligan gelingt es ihr, die wahren Ursprünge der Toclafane zu enthüllen, auf die sich die Macht des Masters stützt.