1. "Allein": Nachdem Jane vergiftet wurde, ist nun das Team auf der Suche nach einem Gegenmittel. Was das gesamte Bestreben erschwert: Remi hat wieder Besitz von Jane ergriffen. Sie ist der festen Überzeugung, das FBI und Weller seien ihre Feinde, die es zu bekämpfen gilt.
2. "Die Weltkarte": Jane hat weiterhin Halluzinationen, in denen ihr der verstorbene Roman erscheint. Innerhalb dieser Trugbilder plant sie mit Roman die Befreiung ihrer Mutter aus dem Gefängnis. Weller muss sich mit dem Rest des Teams beeilen, um die Daten auf den gefundenen USB-Sticks zu entschlüsseln, wenn sie das Voranschreiten von Janes Krankheit noch rechtzeitig stoppen wollen.
3. "Das Michelangelo-Tatoo": Patterson will gemeinsam mit Rich herausfinden, was hinter dem Michelangelo-Tattoo steckt. Bei ihren Ermittlungen erfahren sie, dass ein untergetauchter Bombenleger einen Anschlag plant. Das Team macht den Verbrecher dingfest. Allerdings scheint der Mann kein Einzeltäter zu sein - und sein Komplize ist unauffindbar.
4. "Isolation": In einer einstigen Nervenklinik stößt Rich auf eine Sammlung von Puppen, die er im Labor genauer untersuchen will. Allerdings wird dabei eine gefährliche Substanz freigesetzt und im Zuge dessen eine Quarantäne verhängt. Doch offenbar ist es bereits zu spät.
5. "Die Macht der Schatten": Das Sensen-Tattoo bringt die Crew um Jane auf die Spur eines erbarmungslosen Auftragsmörders. Obwohl der Mann festgenommen werden kann, ist die Gefahr noch nicht vorüber. Denn er gehört einer Terror-Gruppierung an, die ein verheerendes Attentat geplant hat. Wenn sie nicht aufgehalten werden, bedeutet das für viele unschuldige Menschen das Todesurteil.
6. "Der Wolf und die Schlange": Eine männliche Leiche wird gefunden - neben ihr eine mysteriöse mit Blut geschriebene Botschaft. Schnell wird klar, dass es sich bei dem Toten um einen Abgeordneten des Repräsentantenhauses handelt. Der Mann war offenbar in eine Spendenaffäre verwickelt. Hat ihn das sein Leben gekostet?
7. "In guten und in schlechten Zeiten": Jane kann ihre Identität als Remi Weller gegenüber nicht mehr verbergen: Die beiden werden zu Hause von Eve attackiert, die Beweise dafür hat, dass Jane eine erhebliche Geldsumme bei einem der letzten Einsätze gestohlen hat. Weller weiß nun, dass Jane Mitglied bei Sandstorm ist und dafür das Geld verwendet hat. Eve fordert den Betrag nun zurück.
8. "Auf Abwegen": Weller erzählt seinen Team-Mitgliedern, dass Jane wieder zu Remi geworden ist. Sie ahnen nicht, was ihre einstige Kollegin plant. Doch dann müssen sie ihre Aufmerksamkeit plötzlich einem anderen Thema widmen: Ein Alarm warnt die Bewohner New York Citys vor einem Atomangriff - eine Massenpanik droht. Allerdings handelt es sich dabei lediglich um ein Ablenkungsmanöver, mit dem Remi ihr eigentliches Ziel - die Befreiung Shepherds - erreichen will.
9. "Jane oder Remi": Weller hat Remi in einen Hinterhalt gelockt, um mit Richs und Pattersons Hilfe ihr Gedächtnis wiederherzustellen: Aus Remi soll endlich Jane werden. Doch das ist gar nicht so einfach - Jane muss sich tief in ihrem Inneren einem harten Kampf stellen, um Remi ein für alle Mal aus ihrem Hirn zu verdrängen.
10. "Hoffnungsschimmer": Das Team hat es geschafft: Es konnte Remi aus Janes Hirn vertreiben. Doch damit ist Jane noch nicht gerettet, denn sie leidet weiterhin an der Krankheit, deren Heilung immer wieder in weite Ferne rückt. Sobald das Team eine neue wichtige Erkenntnis dazu erlangt hat, wird es von unerwarteten Ereignissen zurückgeworfen. Doch langsam wird die Zeit knapp.
11. "Das Manuskript": Im Haus des ermordeten Autors Winston Pear findet Janes Team ein ominöses Manuskript - und der Verdacht liegt nahe, dass Weller und seine Kollegen die Protagonisten in Pears Geschichte sind. Jane ringt mit dem Tod: Die Vergiftung raubt ihr das Augenlicht und lähmt mit der Zeit auch lebensnotwendige Körperfunktionen. Ihr bleiben nur noch Tage, um geheilt zu werden.
12. "Patterson Jones": Janes Team ist bereit, alles zu tun, um ihr Leben zu retten - und tatsächlich stoßen Rich und Patterson endlich auf eine vielversprechende Lösung: Sie müssen den schwerreichen Exzentriker Ken Lee davon überzeugen, ihnen die so genannte Stanton-Zellen zu überlassen. Er bewahrt sie auf, um für den Notfall gewappnet zu sein. Der Preis dafür ist allerdings hoch: Die Crew soll das mysteriöse "Buch der Geheimnisse" aufspüren und an Lee übergeben.
13. "Del Toro": Boston gibt sich Madeline gegenüber als das Hackergenie Del Toro aus. Gemeinsam mit Zapata will er einen Cyberangriff auf das Luftfahrtsystem Arvo vortäuschen, um zu verhindern, dass Madeline mit dem wahren Del Toro eine echte Flugzeugkatastrophe in Gang setzt.
14. "Romulus und Remus": Vor zwei Jahren wurde eine Frau für mehrere Bombenattentate in Brooklyn verurteilt. Nun scheint ein Trittbrettfahrer sein Unwesen zu treiben, denn es kommt wieder zu Explosionen - im gleichen Viertel am gleichen Tag. Als der Bombenleger sich meldet und erklärt, dass es sich hierbei um einen Racheakt handelt, weil die Täterin damals angeblich von den Ermittlern betrogen wurde, muss sich das Team auf eine Reise in die Vergangenheit begeben, um den aktuellen Fall zu lösen.
15. "Mission: Impossible": Als Janes Team erfährt, dass einem Rüstungsunternehmen Plutonium entwendet wurde, ist es mehr als alarmiert. Schnell wird klar, welch gefährliches Ausmaß der Diebstahl hat: Ein russischer Industrieller will eine Vorrichtung kaufen, die einen Atomangriff ermöglicht. Weller und die anderen machen sich sofort auf die Suche nach den Hintermännern, um einen verheerenden Anschlag zu verhindern.
16. "Der schlimmste Feind": Zapata ist fest entschlossen, Madeline Burke aufzuspüren - und das mit allen Mitteln. Doch ihre Suche wird durch einen Auftragskiller erschwert, der im Namen des Sabinito Kartells eine brutale Mordserie verübt. Als der Täter gestellt wird, die Verbrechen aber dennoch weitergehen, muss das Team schnell handeln. Janes seelischer Zustand verschlechtert sich zusehends.
17. "Der Deal": Das Team hat einen großen Erfolg errungen: Madeline wurde festgenommen. Allerdings müssen Weller und die anderen zeitgleich einen herben Rückschlag hinnehmen: Jane wurde von Dominic entführt und kommt nur im Austausch gegen Madeline wieder frei. Reade muss entscheiden, ob er den Deal annimmt. Viel Zeit zum Nachdenken bleibt ihm allerdings nicht, denn Jane wurde lebendig begraben und hat nur eine begrenzte Menge Sauerstoff in der Kiste unter der Erde.
18. "Familie": Als etliche Menschen an einem Giftstoff sterben, den unter anderem Kugelfische produzieren, stehen die Ermittler zunächst vor einem Rätsel. Ihre Recherchen führen sie schließlich zu einem Labor, in dem Pattersons Vater arbeitet. Zeitgleich wollen Weller und Jane herausfinden, wer in dem Lagerraum war, in dem Gegenstände aus Janes Vergangenheit von Shepherd eingelagert wurden. Wie sich herausstellt, ist die Person nicht unbekannt.
19. "Dämonen der Vergangenheit": Weller stellt gemeinsam mit Jane seine Mutter zur Rede. Die beiden haben herausgefunden, dass Linda die mysteriöse Person ist, die Shepherd Informationen über ihren Sohn beschafft hat. Linda begründet ihre Taten mit ihrer Tablettensucht und versucht, sich vor Jane und Weller zu rechtfertigen. Der kann seiner Mutter den Verrat aber nicht verzeihen. Rich und Patterson werden ebenfalls von ihrer Vergangenheit eingeholt.
20. "Rache!": In der Hoffnung, ins Zeugenschutzprogramm aufgenommen zu werden, wendet sich der bereits inhaftierte Verbrecher Shohid Akhtar mit besorgniserregenden Informationen an das FBI-Team. So soll er vor seiner Inhaftierung mit Terroristen in Kontakt gestanden haben, die in Kürze ein Attentat auf New York planen. Es herrscht höchste Alarmbereitschaft, denn keiner weiß, wann zugeschlagen wird.
21. "Helios": Dominic Masters steht unter dem Verdacht, einen biologischen Angriff auf die Stadt zu planen. Hierfür soll er schon in Kürze einen hochgefährlichen Virus freisetzen. Die Uhr tickt und die einzige Verbindung zu ihm scheint die bereits inhaftierte Madeline Burke zu sein, die aber von all dem Plan nichts wissen will.
22. "Unter Druck": Eine globale Katastrophe naht und das Team versucht trotz interner Probleme schnellstmöglich, die Drahtzieher ausfindig zu machen und auszuschalten. Madeline nutzt die günstige Gelegenheit, um sich in Anwesenheit eines Expertenteams, aus der Affäre zu ziehen und die vermeintliche Korruption des FBI anzuprangern. Ihr intrigantes Ziel: Sie will eine der vertrauenswürdigsten Institutionen zunichtemachen.