Wir schreiben das Jahr 2256 - hundert Jahre nach den Abenteuern von Captain Archer und zehn Jahre vor denen von Captain Kirk. Sternenflottenoffizier Michael Burnham wird in die Ereignisse um den Ausbruch eines interstellaren Krieges zwischen dem innerlich zersplitterten klingonischen Imperium und der Föderation verwickelt.
1. "Leuchtfeuer": Am Rande des Föderationsraumes entdeckt die Crew der USS Shenzhou ein unbekanntes Objekt, dass sich als Schiff der Klingonen entpuppt. Als der erste Offizier Michael Burnham bei einer Untersuchung einen sie angreifenden Klingonen tötet, ruft dies den Revoluzzer T’Kuvma und seinen Verbündeten, den Außenseiter Voq, auf den Plan, die aus Angst vor einer kulturellen Vernichtung durch die expandierende Föderation die 24 Häuser ihrer Heimatwelt wiedervereinigen wollen, um in den Krieg zu ziehen. Burnham sieht es als notwenidig an, die Klingonen sofort militärisch in ihre Schranken zu weisen, was aber dem Föderationsideal entgegenlaufen würde.
2. "Das Urteil": Die Situation eskaliert: die wiedervereinigten Klingonenhäuser gehen gegen die Föderation vor und demonstrieren ihre Macht unter anderen dadurch, dass die getarnte Schiffe gegen die der Shenzhou zu Hilfe kommenden Raumschiffe der Sternenflotte einsetzen. Durch eine List gelingt es Burnham und Captain Georgiou auf das Flagschiff der Klingonen zu gelangen, um T’Kuvma festzunehmen. Doch es läuft nicht alles nach Plan und schon bald muss sich Burnham für ihre Taten verantworten.
3. "Lakaien und Könige": Sechs Monate nach ihrer Verurteilung findet sich Burnham durch eine Verkettung von Ereignissen an Bord der USS Discovery wieder, wo sie von Captain Garbriel Lorca dazu aufgefordert wird, sein Wissenschaftsteam zu verstärken. Als auf dem Schwesterschiff der Discovery ein fehlgeschlagenens Experiment für den Tod der gesamten Besatzung verantwortlich ist und Burnham und die anderen Mitglieder des Außenteams dort von einer monströsen Kreatur angegriffen werden, setzen sich die Puzzleteile immer weiter zusammen und Burnham wird klar gemacht, dass sie auf der Discovery die Möglichkeit erhalten könnte, den Krieg zu beenden, der auch dank ihr losgebrochen ist.
4. "Sprung": Voq tut alles dafür, um dem geistigen Erbe von T’Kuvma gerecht zu werden. Dummerweise sehen andere Klingonenhäuser die Idee des Zusammenschlusses anders als er. Burnham kommt derweil dem Geheimnis der Kreatur auf den Grund, dass an Bord der USS Glenn für Schrecken sorgte – es könnte ein integraler Bestandteil des Sporenantriebes sein. Und der sollte alsbald funktionieren, denn einer Dilithiummine der Föderation droht die komplette Vernichtung durch eine nahende Klingonen-Armada.
5. "Wähle deinen Schmerz": Captain Lorca wird von Klingonen entführt und trifft in seiner Zelle auf den engagierten Lt. Ash Tyler und den undurchsichtigen Harry Mudd. Die Discovery unter dem vorläufigen Captain Saru soll Lorca aufspüren, doch der Tardigrade scheint die vielen Sprünge nicht gut zu verkraften. Bei Burnham, Tilly und Stamets regt sich Mitgefühl mit der Kreatur und sie suchen nach einem anderen Weg, den Sporenantrieb zu nutzen - doch die Zeit drängt.
6. "Lethe": Botschafter Sarek soll als Mittelsmann zwischen den Klingonen und der Föderation vermitteln. Auf dem Weg zum neutralen Verhandlungsort wird sein Schiff allerdings von „Logik-Extremisten“ sabotiert und treibt fortan schwer beschädigt in einem Nebel, den die Scanner der Discovery nicht durchdringen können. Michael versucht ihren Adoptivvater mithilfe einer vulkanischen Technik aufzuspüren, was allerdings mit einer schmerzlichen Reise in ihrer beider Vergangenheit verbunden ist. Admiral Katrina Cornwell hat Zweifel, ob Lorca wirklich imstande ist, die Discovery zu führen.
7. "T=Mudd²: Harry Mudd ist zurück und will sich an Captain Lorca dafür rächen, dass er ihn auf dem klingonischen Gefängnisschiff zurückgelassen hat. Sein Plan: die Geheimnisse der Discovery entschlüsseln und das Schiff dann an den Feind verkaufen. Und da dies ein so gewagtes Unterfangen ist, bedient sich Mudd eines Gerätes, welches eine Zeitschleife erzeugt, um die gleichen dreißig Minuten immer wieder zu erleben - macht er einen Fehler, kann er wieder von vorn beginnen. Staments ist der Zeitschleife gewahr und versucht, Burnham von ihrer Existenz zu überzeugen, denn nur vereint mit Tyler, Tilly und den anderen haben sie eine Chance, Mudd zu stoppen und nicht immer wieder eines gewaltsamen Todes zu sterben.
8. "Si Vis Pacem, Para Bellum": Der strategische Vorteil der Klingonen, über eine Tarntechnologie zu verfügen, setzt der Föderation schwer zu. Auf einem fremden Planeten wollen Burnham, Saru und Tyler mithilfe einer außergewöhnlichen natürlichen Kristallformation eine Art Sonar kreieren, um wieder so etwas wie Chancengleichheit herzustellen. Doch als die Bewohner des Planeten in Sarus Bewusstsein eindringen, steht die Mission auf Messers Schneide.
9. "Algorithmus": Das klingonische Schiff der Toten nähert sich Pahvo und die Discovery soll sich in den Raum der Föderation zurückziehen. Lorca denkt aber ebensowenig wie Burnham daran, diesem Befehl Folge zu leisten. Stattdessen ersinnen sie einen neuen Plan, um die Tarnvorrichtung des Gegners durchdringen zu können. Ein Haken an der Sache: Burnham und der eigentlich noch immer traumatisierte Tyler müssen unerkannt auf das Schiff der Toten gelangen, während Staments mit der Discovery mehr Sprünge vollführt, als es für seine Gesundheit wohl angemessen ist.
10. "Nur wegen dir": Die Discovery findet sich in einem Paralleluniversum wieder, in dem nichts wie in ihrem ist: die Menschheit unterjocht als faschistoide Organisation alle anderen Spezies, die sich verzweifelt versuchen zu wehren. Um nicht erkannt zu werden, muss die Crew ihr Schiff als Mitglied der irdisch-imperialen Flotte tarnen – mit Tilly als Captain. Tylers postraumatische Belastungsstörungen nehmen derweil bedrohliche Ausmaße an. Oder weiß etwa die gefangene L’Rell mehr über seinen Zustand, als sie zugibt?
11. "Der Wolf im Inneren": Zunächst incognito versuchen Michael und Tyler, eine Rebellenbasis, geleitet von einem sehr viel generöseren Voq, vor der Vernichtung durch das irdische Imperium zu bewahren. Doch das Vorhaben gerät in Gefahr, als immer mehr gewahr wird, dass etwas mit Tyler ganz und gar nicht stimmt. Tilly hofft unterdess, Staments aus seinem katatonischen Zustand befreien zu können.
12. "Blindes Verlangen": Michael wird von der alternativen Georgiou, die in diesem Universum das terranische Imperium anführt, unter ihre Fittiche genommen. Damit beginnt ein riskantes Versteckspiel für Burnham, während L’Rell von Saru darum gebeten wird, Tyler bzw. Voq zu helfen, dessen klingonisches Inneres sich immer mehr Bahn bricht. Schließlich kommt auch noch eine schockierende Erkenntnis über Captain Lorca ans Licht und Staments erhält interessante Informationen von seinem verstorbenen Freund.
13. "Auftakt zur Vergangenheit": Lorca führt eine Rebellion auf dem Flaggschiff des Imperiums an, während Michael und Georgiou versuchen, seinen Fängen zu entkommen. Gleichzeitig arbeitet man an der Discovery daran, den Raubbau an dem Sporennetzwerk, der im Spiegeluniversum betrieben wird, zu stoppen und simultan einen Weg zu finden, wieder in das eigene Universum zurückzukehren. Beides ist leichter gesagt als getan.
14. "Flucht nach vorn": Die Klingonen drohen, den Krieg mit der Föderation zu gewinnen. Inzwischen versuchen sich die einzelnen Häuser darin zu überbieten, wer mehr Leben auf der gegnerischen Seite auslöschen kann, außerdem steht ein Angriff auf die Erde scheinbar kurz bevor. Michael erhofft sich einen taktischen Vorteil durch das Wissen der Spiegeluniversums-Georgiou, während Tyler offenbar wieder ganz sein menschliches Selbst ist - mit allen neuen inneren Dämonen, die durch seine Taten als Voq damit einher gehen.
15. "Nimm meine Hand": Michael, Tilly, Tyler und Georgiou sollen auf Geheiß der Föderation die Heimatwelt der Klingonen, Qo’nos, infiltrieren und mithilfe einer Drohne taktische Daten sammeln. Auf der Oberfläche, in einem zwilichtigen Teil des Planeten voller illegaler und anrüchiger Aktivitäten, stellt sich schnell heraus, dass Georgiou eigene Pläne verfolgt, deren Konsequenzen gegen so ziemlich jedes Prinzip der Sternenflotte verstoßen würden - und dies mit Segen der Föderations-Führungsriege. Michael (und mit ihr die gesamte Crew der Discovery) wird einmal mehr vor die Wahl gestellt: folgen oder rebellieren?