1. "Holocron-Raub": Wegen eines missachteten Befehls auf dem Schlachtfeld muss Ahsoka Wachdienst im Jedi-Tempel schieben. Dort bekommt sie noch mehr Ärger. Der gefürchtete Kopfgeldjäger Cad Bane hat einen neuen Auftraggeber: den Sith-Lord Sidious. Für die Dunkle Seite soll er aus dem Jedi-Tempel ein wertvolles Artefakt stehlen.
2. "Schicksalhafte Landung": Anakin und Ahsoka sind auf der Spur von Cad Bane. Sie entern Jedi Banes beschädigtes Schiff, nachdem sie ihn aufgespürt haben. Sie rechnen nicht mit den fiesen Tricks des Banditen.
3. "Kinder der Macht": Cad Bane ist den Jedi entkommen und schafft es, die gestohlenen Informationen an seinen Auftraggeber Sidious zu senden. Sidious beauftragt seinen Handlanger, die Jedi-Kinder zu entführen. Anakin und Ahsoka schließen sich mit Obi-Wan und Mace Windu zusammen, um den Kopfgeldjäger zu stoppen.
4. "Spion des Senats": Der Rat der Jedi vermutet eine Allianz zwischen dem Planeten Cato Neimodia, dem Banken-Clan und den Separatisten. Padme soll dazu ihre alte Flamme, den neimodianischen Senator Rush Clovis, ausspionieren. Gegen Anakins Willen folgt sie dem undurchsichtigen Clovis auf dessen Heimatplaneten. Sie ist bald in tödlicher Gefahr.
5. "Kampf und Wettkampf": Anakin, Ahsoka und Ki-Adi-Mundi leiten einen Angriff auf eine neue Droiden-Fabrik des Separatistenführers Erzherzog Poggle. Ihre Raumschiffe werden von Abwehrgeschützen zerstört und crashen auf der unwirtlichen Oberfläche von Geonosis. Anakin und Mundi müssen ihre verstreuten Truppen sammeln - nicht nur um die Horden an Feinden zu bekämpfen.
6. "Die Waffenfabrik": Die Jedi versuchen immer noch, Poggles neue Waffenschmiede auf Geonosis zu zerstören, bevor sie Waffen an die Separatisten liefern kann. Doch der Erzherzog hat einen unerwarteten Joker im Ärmel: Er setzt einen neuen Super-Panzer gegen die Angreifer ein.
7. "Vermächtnis des Terrors": Beim Sturm auf die Waffenfabrik verschwindet Jedi-Meisterin Luminara, die dem flüchtenden Erzherzog folgt. Obi-Wan und Ki-Adi-Mundi machen sich mit einem Platoon Clone Troopers auf die Suche nach ihr. Ihre Spur führt sie tief in die unheimlichen Höhlen von Geonosis. Der Trupp trifft auf untote Gegner.
8. "Gehirn-Parasiten": Ahsoka und Barriss sind an Bord eines Versorgungsschiffs, das sich auf dem Weg zurück in republikanischen Raum befindet. An Bord befinden sich gefährliche blinde Passagiere: geonosianische Hirnwürmer, die ihre Opfer zu willenlosen Sklaven machen im Dienste fremder Herren. Ahsoka muss gegen ihre eigenen Klontruppen ums nackte Überleben kämpfen.
9. "Grievous¿ Hinterhalt": Jedi-Meister Eth Koth wird nach der Zerstörung seiner Flotte von General Grievous gefangen genommen und gefoltert. Er will damit die Jedi anlocken - was ihm auch gelingt, denn Anakin, Obi-Wan und Adi Gallia machen sich auf den Weg, um ihren Kameraden zu befreien und Grievous dingfest zu machen.
10. "Der Deserteur": Auf Saleucami müssen Obi-Wan und Cody den bei einem Feuergefecht schwer verletzten Rex bei einer einheimischen Familie zurücklassen. Der Vater der Familie, Cut Lawquane, stellt sich als desertierter Klonsoldat heraus. Obwohl Rex dessen Fahnenflucht verurteilt, sind die beiden Klone sehr bald aufeinander angewiesen, als ein Trupp Commando-Droiden angreift.
11. "Eine Lektion in Sachen Geduld": Ein Dieb stiehlt Ahsokas Lichtschwert. Sie macht sich auf die gefahrvolle Suche nach ihrer Waffe und bekommt Hilfe von dem erfahrenen Ordensveteranen Tera Sinube, der ein Experte in der Welt des Verbrechens ist. Die Jedi erfahren, dass weit mehr hinter dem Raub steckt, als es zunächst scheint.
12. "Verschwörung auf Mandalore": Obi-Wan soll Gerüchten nachgehen, nach denen die neutrale Herzogin Satine von Mandalore im Geheimen eine separatistische Streitmacht aufbaut. Sollte sich das bewahrheiten, wäre es für den Jedi eine schreckliche Erkenntnis. Er kennt Satine gut - zwischen beiden besteht seit ihrer Jugend eine enge Verbindung.
13. "Reise der Versuchung": Satine ist auf dem Weg nach Coruscant, um vor dem Senat auszusagen. Gemeinsam mit Obi-Wan und Anakin reist sie auf dem Luxusschiff Coronet. Sie werden mit Attentäterdrohnen in Spinnenform konfrontiert, die von einem Verräter an Bord geschmuggelt wurden. Obi-Wan versucht herauszufinden, wer für die Bedrohung verantwortlich ist.
14. "Die Herzogin von Mandalore": Satine setzt sich dafür ein, dass Mandalore neutral bleibt. Damit arbeitet sie gegen die Pläne der Death Watch. Vizsla setzt einen Attentäter auf sie an, doch ihr Tod kann verhindert werden. Satine erhält einen Datenträger, der wichtige Informationen enthält. Als sie beschuldigt wird, ein Attentat verübt zu haben, muss sie fliehen.
15. "Mord im Senat": Senator Onaconda Farr, der das Ende des Krieges anstrebt, verliert bei einer Unterredung unter mysteriösen Umständen sein Leben. Er wurde vergiftet. Seine Nichte Padmé macht sich mit Bail Prestor Organa auf die Suche nach dem Mörder - und muss feststellen, dass dieser aus den eigenen Reihen stammt.
16. "Katz und Maus": Senator Organa sitzt auf dem umkämpften Planeten Christophsis fest, der unter Beschuss einer Separatistengruppe steht. Anakin und Admiral Yularen machen sich in einem Tarnkappenschiff auf den Weg, um Organa mit Hilfsgütern zu beliefern. Die Angriffe tragen die Handschrift des tot geglaubten Admiral Trench. Gegen Obi-Wans Anweisung versucht Anakin, Trenchs Schiff zu zerstören.
17. "Kopfgeldjäger": Die Auseinandersetzungen werden immer erbitterter - die Jedi kämpfen an allen Fronten. Als der Kontakt zur Krankenstation auf Felucia abbricht, machen sich Obi-Wan, Anakin uns Ahsoka auf den Weg, um der Sache auf den Grund zu gehen. Auf dem Planeten angekommen, schließen sie sich mit einer Gruppe Kopfgeldjägern zusammen, um die einheimischen Farmer im Kampf gegen Hondo Ohnaka zu unterstützen.
18. "Das Zillo Biest": Die separatistischen Gruppen stehen kurz davor, den Planeten Malastare zu erobern. Um die Schlacht doch noch für sich zu entscheiden, beschließt der Oberste Kanzler der Republik den Einsatz einer Elektroprotonenbombe. Die gewaltige Detonation zeigt Wirkung - und weckt das gigantische Zillo Biest.
19. "Das Zillo Biest schlägt zurück": Auf Kanzler Palpatines Befehl überführen Anakin und Mace Windu das gefährliche Zillo Biest nach Coruscant. Der unverwundbare Panzer der Bestie soll untersucht werden, um nach seinem Vorbild eine Rüstung für die Truppen zu entwickeln. Doch das Biest ist stärker als gedacht und kann sich befreien.
20. "Tödliche Falle": Mace Windu empfängt einige Klon-Kadetten auf seinem Schiff, die einen Jedi-Kreuzer im Einsatz erleben sollen. Niemand ahnt, dass sich unter den Kadetten Boba Fett befindet, der sich an Mace Windu für den Tod seines Vaters rächen will. Boba Fetts erster Anschlag auf Mace scheitert - anstatt seiner muss ein Klon sein Leben lassen. Daraufhin sabotiert der hasserfüllte Kadett das Schiff.
21. "Komm¿ nach Hause, R2": Die Jedi und ein republikanisches Rettungsschiff sind auf der Suche nach Überlebenden. Auf Vanqor stoßen Anakin und Mace Windu nur noch auf tote Soldaten. Boba Fett, der sich einer Gruppe kaltblütiger Kopfgeldjäger angeschlossen hat, stellt Mace Windu die nächste Falle. Anakin und Mace überleben den Anschlag. Um den Kopfgeldjägern zu entkommen, sind sie auf R2-D2s Hilfe angewiesen.
22. "Auf Geiseljagd": Durch eine Geiselnahme wollen die Kopfgeldjäger erreichen, dass Mace Windu zu ihnen kommt. Plo Koon und Ahsoka machen sich auf die Suche nach ihnen. Es gelingt ihnen, Boba Fett und die anderen in der Unterwelt Coruscants aufzuspüren. Es kommt auf Florrum zur Konfrontation.