1. "Krieg der Meere": Der König der Mon Calamari ist getötet worden, ein Bürgerkrieg zwischen den Quarren und den Mon Calamari scheint unausweichlich. Padmé und Anakin, die eilig zu Verhandlungen anreisen, um den Frieden zu sichern, können nicht viel ausrichten. Der junge Thronfolger Prinz Lee-Char hofft zwar, den Konflikt friedlich beenden zu können, zieht dann aber mutig für sein Volk in den Kampf.
2. "Eine letzte Hoffnung": Die Schlacht zwischen den Mon Calamari und den Quarren dauert an und die Lage für die Mon-Cala-Armee wird immer aussichtsloser. Um das gebeutelte Volk zu unterstützen, wollen Anakin und Padmé die Gungans überreden, ihre Streitkräfte zu entsenden. Um ihren Kampfgeist zu brechen hat Dooku den Befehl gegeben, dass alle Überlebenden gefangen genommen und in Arbeitslager gebracht werden.
3. "Königreiche muß man sich verdienen": Ahsoka und der junge König von Mon Calamar, Lee Char, führen ein Himmelfahrtskommando an, um ihre Freunde zu retten und die Ordnung auf dem Planeten wiederherzustellen.
4. "Krieger des Schattens": Nachdem Gungan-Boss Lyonie mit einer Halskette hypnotisiert worden ist, bereitet er seine Armee auf einen Angriff auf die Naboo vor. Anakin und Padmé, die zu Besuch sind, merken schnell, dass etwas nicht stimmt. Als Lyonie niedergestochen wird, soll Jar Jar den Gungan-Boss spielen, da er ihm zum Verwechseln ähnlich sieht. Kann der Krieg im letzten Augenblick verhindert werden?
5. "Unterwelt": Die Truppen der Republik bereiten sich darauf vor, auf dem Planeten Aleen zu landen, der immer wieder von heftigen Erdbeben erschüttert wird. C-3PO ist neben Wolffe bei der Expedition dabei und nähert sich in Begleitung der Aleena dem Eingang zur Unterwelt des Planeten. Als die Erde plötzlich erneut bebt, stürzt er gemeinsam mit anderen Droiden in das Loch und wird verschüttet.
6. "Zwischen den Welten": Auf dem Rückweg von Aleen wird die Flotte der Republik von den Separatisten angegriffen. Die Droiden C 3PO und R2 D2, die sich in einem Kampfflieger verstecken, werden dabei aus Versehen ins All geschleudert. Nachdem die beiden ihre Verfolger erfolgreich abschütteln konnten, sind die zwei Droiden allerdings auf sich allein gestellt - und stolpern von einem Abenteuer ins nächste.
7. "Die Dunkelheit von Umbara": In der Schattenwelt von Umbara soll die 501. die Hauptstadt einnehmen, eine unmögliche Mission, die noch dadurch erschwert wird, dass kurzfristig ein neuer Jedi-General, Pong Krell, berufen wird.
8. "Die Bruchpiloten": Rex und seine Klone werden dazu gezwungen, die Luftwaffenbasis von Umbara gegen eine übermächtige Armee von Tankern zu verteidigen, und nur ihr Einfallsreichtum rettet ihnen das Leben.
9. "Befehlsverweigerung": Kaum haben die Klone den Luftstützpunkt der Umbaraner erobert, da erfährt Pong Krell von Obi-Wan, dass die Hauptstadt nur eingenommen werden kann, wenn die Basis völlig zerstört ist! Dennoch hält Pong Krell an seinem ursprünglichen Plan fest und lässt den Angriff auf die Stadt vorbereiten. Fives, Jesse und Hardcase können das nicht länger hinnehmen und verfolgen heimlich einen anderen Plan.
10. "Krells Blutbad": Nachdem sich Fives und Jesse gegen Pong Krell gestellt haben, gibt er den Befehl, die beiden hinzurichten. Die Klone, die somit gezwungen werden, ihre eigenen Kameraden umzubringen, zweifeln immer stärker an ihrem Kommandanten und seinen Anordnungen. Langsam dämmert ihnen, dass Pong Krell ein Verräter sein muss, der sich vor einiger Zeit den Separatisten angeschlossen hat.
11. "Sklaverei": Nachdem die Separatisten auf dem Planeten Kiros einmarschiert sind und alle Bewohner verschleppt haben, entsendet Jedi-Meister Yoda Obi-Wan, Anakin und Ahsoka, um die Bevölkerung zu befreien. In der Stadt von Kiros werden die Gesandten der Republik bereits erwartet. Obwohl sie die Feinde schnell unschädlich machen können, ist die Lage äußerst gefährlich, denn überall wurden Bomben angebracht.
12. "Sklaven der Republik": Anakin, Obi-Wan und Ahsoka Tano machen sich auf den Weg nach Zygerria, wo die Kolonisten von Kiros als Sklaven gehalten werden. Um nicht aufzufallen, verkleiden sich Rex, Anakin und Obi-Wan als Sklavenhändler. Während sich Anakin bemüht, das Vertrauen der Königin zu erschleichen, versuchen die anderen, den Gouverneur von Kiros zu befreien - doch sie werden erwischt!
13. "Meister und Sklave": Als die Jedi erst mal den wahren Grund für das Verschwinden der Kolonie entdecken, ist es an Anakin, Obi-Wan und Ahsoka, sich und die Sklaven zu retten.
14. "Der andere Weg": Das erste Treffen zwischen den Abgesandten beider Lager wird im Thronsaal der Regentin Satine Kryze abgehalten. Überraschend für alle taucht plötzlich Lux Bonteri auf, der Dooku beschuldigt, an der Ermordung seiner Mutter beteiligt gewesen zu sein. Um sich zu rächen, hat Lux sich der Terrorgruppe Death Watch angeschlossen. Ahsoka will ihrem Freund helfen und wird in seinen Plan hineingezogen.
15. "Transformer": Als Obi-Wan nach einem Treffen des Jedi-Rats gemeinsam mit Anakin und Ahsoka auf dem Heimweg ist, werden die drei auf offener Straße angegriffen.
16. "Freund und Feind": Nach ihrer gelungenen Flucht müssen der falsche Rako Hardeen, alias Obi-Wan, Moralo Eval und Cad Bane an ein neues Gefährt und Waffen kommen. Anakin, der immer noch nicht weiß, dass Obi-Wan am Leben ist und sich als Rako Hardeen ausgibt, macht sich auf die Suche nach dem Mörder seines Freundes. Als er auf den falschen Hardeen trifft, droht die geheime Mission aufzufliegen.
17. "Entkommen": Der falsche Hardeen und Cad Bane werden von Dooku eingeladen, gemeinsam mit anderen äußerst berüchtigten Kopfgeldjägern an einem Wettstreit auf Serenno teilzunehmen. So werden die Kandidaten in eine würfelförmige Arena gesperrt, in der sie verschiedene, tödliche Abenteuer überstehen müssen. Die fünf Besten sollen schließlich zu einer geheimen Mission entsandt werden.
18. "Doppeltes Spiel": Nachdem sich Obi-Wan als falscher Hardeen im Wettstreit der Kopfgeldjäger behaupten konnte, ist er auserwählt, gemeinsam mit Dooku und ein paar anderen den Kanzler zu entführen. Yoda und Windu haben indes den anderen erzählt, dass Obi-Wan noch am Leben ist und sich bei den Separatisten eingeschlichen hat, um die Entführung Palpatines zu vereiteln. Geht ihr Plan auf?
19. "Wiedergeburt": Asajj Ventress, die sich nach dem Anschlag auf Dooku längere Zeit versteckt gehalten hatte, kehrt zu den Nachtschwestern zurück. Nachdem Mutter Talzin sie mit offenen Armen empfängt, ist Asajj bereit, der Vereinigung erneut beizutreten. Doch Dooku hat ihren Mordanschlag nicht vergessen und sinnt auf Rache. Er entsendet die Droidenarmee nach Dathomir, um die Nachtschwestern auszulöschen.
20. "Kopfgeld": Ventress will mit Boba Fett und seiner Truppe von Kopfgeldjägern bei deren nächstem Auftrag gemeinsame Sache machen.
21. "Brüder": Savage Opress ist fest entschlossen, seinen tot geglaubten Bruder Darth Maul zu finden. Doch kann Darth Maul immer noch am Leben sein, zehn Jahre nachdem ihn Obi-Wan mit dem Lichtschwert in zwei Hälften geteilt hat? Tatsächlich gelingt es Savage, seinen Bruder aufzuspüren, der inzwischen verrückt geworden ist und Rache an Obi-Wan nehmen möchte.
22. "Rache": Nachdem sich die Brüder Darth Maul und Savage Opress wiedergefunden haben, machen sie sich gemeinsam auf den Weg nach Dathomir, wo Mutter Talzin sich um Maul kümmert. Da Darth Maul auf Rache sinnt, erklärt sich Obi-Wan bereit, alleine gegen seinen alten Feind zu kämpfen. Schnell gelingt es den beiden Brüdern, den Jedi zu besiegen. Da naht von unerwarteter Seite plötzlich Hilfe.