1. "Sandsturm": Jane sitzt in einem Geheimgefängnis der CIA und muss endlose Verhöre und Folter über sich ergehen lassen. Es gelingt ihr zu fliehen und unterzutauchen. Inzwischen ist ihr auch die NSA-Agentin Naz Kamal auf den Fersen: Sie ermittelt gegen die Terror-Organisation Sandstorm, die Jane beim FBI eingeschleust hat. Kamal will Jane wieder bei Sandstorm unterbringen, um an die Köpfe heranzukommen.
2. "Eine Art Familie": Eines von Janes Tattoos gibt darüber Aufschluss, dass die DEA heimlich mit dem Juárez-Kartell Waffengeschäfte Geschäfte betreibt. Federführend ist offenbar Rob Kingston, der den Drogenbaronen Flugabwehr-Raketen zugesagt hat. Alles deutet darauf hin, dass ein Anschlag mit diesen Flugkörpern verübt werden soll.
3. "Killerinstinkt": Eine Serie von Sprengstoffanschlägen erschüttert New York. Die Täter wollen sich für Waffentests rächen, die die Navy jahrelang auf der Karibik-Insel Vieques durchgeführt hat. Viele Einwohner starben dadurch. Als die Bombenleger Geiseln nehmen, wird Weller als Unterhändler eingesetzt. Shepherd testet Janes Loyalität: Sie soll den Ingenieur Jeffrey Kantor töten, den sie einst zu "Sandstorm" holte.
4. "Aurora": Um sich sein Gehalt etwas aufzubessern, liefert der Hacker Bo Kaiser, der eigentlich beim Heimatschutz angestellt ist, Gebäudepläne an Kriminelle. Zuletzt hat er die ehemalige CIA-Agentin Elizabeth Gubara mit Informationen versorgt. Sie bringt auf einer Spendengala zwei Menschen um. Ihr Motiv: Rache. Roman und Jane reisen nach Kanada zu einem See, der eng mit "Sandstorm" und Shepherd verbunden ist.
5. "Hinterhalt": Senator Quinn Donahue überlebt knapp ein Attentat. Offenbar ist die irische Mafia dafür verantwortlich. Deren Ex-Chef Patrick O¿Malley ist mit Donahue verwandt, was ein mögliches Tatmotiv sein könnte. Doch Jane und Weller erleben eine böse Überraschung.
6. "Der Whistleblower": Naz und Weller sind auf der Suche nach dem Whistleblower Douglas Winter und werden im bulgarischen Sofia fündig. Winter behauptet er könne beweisen, dass jemand ihm die Geheimdateien untergejubelt hat. Eine von Patterson decodierte Tonaufnahme deckt auf, dass Winter die Wahrheit sagt. Jane und Roman arbeiten für einen brisanten Auftrag zusammen.
7. "Auf der sicheren Seite": Rich Dotcom wendet sich an das FBI, da er offenbar von einem Killer verfolgt wird. Aufgrund seiner Erfahrungen mit Rich ist Weller äußerst vorsichtig.
8. "Spurlos verschwunden": Weller und Jane sind spurlos verschwunden: Sie sollten für einen gewissen Emile bei einem Kongress einen Raub begehen. Bei dem zu raubenden Objekt handelt es sich um die chinesische Wissenschaftlerin Dr. Chen. Sie hat eine bahnbrechende Technik erfunden, die Emile für sich nutzen will.
9. "Phase zwei": Roman halt Jane im Sandstorm-Hauptquartier fest. Ihr gelingt es, einige Informationen an Weller durchzugeben und ihm so die Lage des geheimen Ortes zu übermitteln. Jane lässt ihn wissen, dass Sandstorm in Kürze den nächsten Schritt seines Planes im Kampf gegen die Regierung einleiten wird. Dem FBI bleibt nicht viel Zeit - doch dann überschlagen sich die Ereignisse.
10. "Gefangen": Patterson ist in der Gewalt von Borden und Shepherd die versuchen, mit Gewalt Informationen aus ihr herauszupressen. Wellers Team versucht alles, um Patterson zu finden. Romans Hilfe wäre dabei entscheidend, doch der ist abgehauen.
11. "Der Leopard": Roman ist in der Hand des FBI, doch es ist nichts aus ihm herauszubekommen. Patterson versucht, das neue Tattoo zu knacken - und macht eine interessante Entdeckung.
12. "Kalkuliertes Risiko": Das Leoparden-Tattoo ist entschlüsselt: Es weist auf die Biker-Gang Viper Kings hin, deren Kneipe Jane und Roman einen Besuch abstatten. Jane ahnt nicht, dass Roman bei den Rockern kein Unbekannter ist - insbesondere bei Kneipenbesitzerin Kat. Eine Zusammenarbeit mit den Viper Kings könnte Wellers Team wieder ein Stück näher an Sandstorm heranbringen.
13. "Shepherd": Weller und Shepherd haben eine gemeinsame Vergangenheit. Weller versucht Antworten zu erhalten. Was er herausfindet, nimmt ihn emotional sehr mit. Das Team ist durch ein weiteres Tattoo militanten Farmern auf die Spur gekommen, die ihre Interessen mit Gewalt durchsetzen wollen. Doch die Initiative dazu geht nicht von ihnen aus, sondern von einem FBI-Agenten.
14. "Dädalus": Ein Tattoo, das eine versteckte Gleichung beinhaltet, führt das Team auf die Spur eines College-Geheimbundes, in dem Rich Dotcom und Boston Arliss Crab Mitglieder sind. Offenbar plant eines der anderen Mitglieder einen Anschlag. Weller, Rich, Boston und Patterson schleusen sich auf eines der geheimen Treffen ein, um ihrer Vermutung nachzugehen.
15. "Bewährungsprobe": Patterson entschlüsselt mehrere Tattoos, die alle Hinweise auf ein und dasselbe Verbrechen zu enthalten scheinen. Um den Spuren zu folgen, teilt sich das Team auf und kommt Kriminellen auf die Schliche, für die ein Menschenleben nur einen finanziellen Wert hat. Naz hört von ihrer Quelle bei Sandstorm und trifft sich mit dem Informanten. Doch das stellt sich als fataler Fehler heraus.
16. "Abgehängt": Naz ist durch ihre Quelle in den Besitz eins USB-Sticks gekommen, der brisante Informationen über Shepherd und Borden enthält. Die Quelle bietet dem Team an, sie zu Shepherd zu bringen. Doch die ist dem FBI erneut einen Schritt voraus - ausgerechnet wegen Patterson.
17. "Magnus Steele": Oliver und Jane wurden entführt. Die Täter wollen sich an Olivers Vater rächen: Der hatte einst Anleger um mehrere hundert Millionen Dollar geprellt.Naz findet heraus, dass Shepherd während der vergangenen Jahre weltweit umtriebig war. Naz weiß, dass Roman ein Treuhandkonto auf den Bahamas leergeräumt hat. Doch wohin hat er das Geld verschoben?
18. "Angeschlagen": DAs Team muss es den Tod eines Mädchens aufklären. Amber lebte in einer Pflegefamilie und sprang nach einem Streit mit ihrem Pflegebruder Eli aus dem Fenster. Nun ist die gesamte Pflegefamilie verschwunden, nur Eli wird dank eines Überwachungsvideos gefunden. Er kann Weller und seinTeam einen wichtigen Hinweis zu Ambers Tod liefern - ebenso wie Janes Sanduhr-Tattoo.
19. "Bangkok": Weller und Jane müssen einmal mehr undercover arbeiten: Sie sind einer Gruppe Hacker auf der Spur, die streng geheime Dokumente an sich gebracht hat. Doch die Computergenies machen es den beiden nicht leicht. Sie veranstalten eine regelrechte Schnitzeljagd mit Jane und Weller. Shepherd reist nach Thailand. Dort will sie sich eine schlagkräftige Waffe besorgen.
20. "Vertrauensbruch": Zapata wurde verhaftet - um undercover im Gefängnis zu ermitteln. Dort ist auch Devon inhaftiert, die die Freundin von Shepherds engstem Vertrauten Parker ist. Über Devon will das FBI an die beiden herankommen. Roman hat eine Erinnerung, die für Jane tödlich enden könnte.
21. "Der Durchbruch": Nach dem Angriff auf Jane wird Roman wieder in seine Zelle beim FBI verfrachtet. Weller gelingt es, Parker zum Reden zu bringen. Dadurch findet das Team heraus, dass Shepherd ein Attentat auf das FBI plant. Doch die Gefahr ist nach der Evakuierung noch lange nicht gebannt.
22. "Janes Entscheidung": Während Weller versucht, aus dem Hochsicherheitsbunker zu entkommen, steht das Team vor seiner bisher größten Herausforderung: Shepherd und Sandstorm wollen Washington mit Hightech-Waffen dem Erdboden gleichmachen. Es kommt zum Showdown zwischen Weller, Jane und Shepherd - doch das ist nicht der einzige Kampf den Weller und Jane noch auszutragen haben.