"Der Aufstieg der Turtles": Leo, Raph, Mikey und Donnie sind mutierte Schildkröten, die in der Kunst des Ninjutsu trainiert worden sind. Aus dem Abwasserkanal heraus kommen sie nach New York. Sie stellen sich gefährlichen Schurken und essen Pizza, die leckerer ist, als sie sich jemals vorstellen konnten. Durch die Kämpfe gegen Shredder, die Kraang und viele andere superstarke Mutanten lernen die Turtles, sich aufeinander zu verlassen. So werden sie langsam zu den Helden, zu denen sie bestimmt sind.
1.+2. "Der Aufstieg der Turtles": Splinter erlaubt seinen Söhnen, den Teenage Mutant Ninja Turtles, zum ersten Mal die Stadt über ihnen zu erkunden, bei ihrem Besuch entdecken sie das die Stadt komplexer ist als sie auf dem ersten Blick erscheint.
3. "Ein Turtle in Rage": Raphael rastet aus als ein New Yorker namens Vic ihn beschimpft. Als Vic die Turtles mit seinem Handy filmt, müssen die vier jungen Helden ihn aufspüren, um zu verhindern, dass ihr Schatten-Dasein publik gemacht wird.
4. "Neue Freunde, alte Feinde": Michelangelo freundet sich über eine Social-Network-Seite mit seinem Karate-Idol Chris Bradford an. Damit will er beweisen, dass auch die Turtles mit Menschen befreundet sein können. Doch was er nicht weiß: Bradford ist Teil von Shredders Team.
5. "Ich Glaub, der Typ heißt Baxter Stockman": Die Turtles schleichen sich heimlich aus der Abwasserwelt hinauf in die Stadt, um mit April ins Kino zu gehen. Dort treffen sie auf Baxter Stockman, ein verrückter Erfinder, der sich einen mechanischen Panzeranzug gebaut hat.
6. "Metalhead": Donatello hat es satt mit einem einfachen Holzstab gegen die technologisch fortgeschrittenen Kraang zu kämpfen. Deshalb baut er "Metalhead", einen ferngesteuerten Turtle-Roboter, mit dem er sich gegen die Technologie gewappnet fühlt.
"Die Herausforderer": Das schlagkräftige grüne Turtles-Team im Kampf gegen Shredder! Für Leo, Donnie, Raph und Mikey lauern an jeder Ecke des New Yorker Großstadtdschungels neue Abenteuer und neue Feinde: Ob es die Kraang-Androiden sind, Mouser-Roboter, ein Alligator-Mutant oder der Erzfeind und Meisterbösewicht Shredder höchstpersönlich - stürzen wir uns heinein ins Kampfgetöse!
7. "Ein echter Menschenaffe": Donatello und April untersuchen den Fall eines vermissten Wissenschaftlers. Doch bei ihren Nachforschungen stoßen sie auf ein äußerst mysteriöses Experiment: Es geht um einen übersinnlichen Affen.
8. "Gnadenlos clever gegen Xever": Leo meint einen Fehler gemacht zu haben, als Xever, ein früherer Widersacher, dem Leo die Freiheit gewährt hatte, erneut Unruhe stiftet. Xever nimmt einen Imbiss-Besitzer als Geisel.
9. "Die Herausforderung": Nachdem April eine Warnung von ihrem Vater erhalten hat, der immer noch von den Kraang gefangen gehalten wird, begibt sie sich mit den Turtles auf Rettungsmission. Sie müssen Aprils Vater befreien und die Stadt vor einer riesigen Mutagen-Bombe bewahren.
10. "Panik in der Kanalisation": Die Turtles müssen ihr Zuhause in der New Yorker Unterwelt vor Chris Bradford beschützen als er versucht das Kanalisationssystem mit einem gefährlichen Giftstoff zu versetzen.
11. "Mouser-Attacke": Jetzt ist es an der Zeit sich zu beweisen: Die Turtles müssen sich in zwei Teams aufteilen, als sie von zwei Seiten angegriffen werden. Die Purple Dragons und Stockmans mechanische Mouser setzen die Turtles unter Druck. Doch hat das "B-Team" von Donnie und Mikey soviel drauf wie das "A-Team" von Leo und Raph?
12. "Das Ding aus der Tiefe": Michelangelo hat einen neuen Freund gefunden, der mutierte Alligator Leatherhead, der ungewöhnliche Kraang-Technologie besitzt. Die anderen wissen nicht so recht, ob sie dem neuen trauen können.
13. "Der Rattenkönig": Der verrückte Dr. Falco möchte sich an der Menschheit und an den Turtles rächen, indem er alle Ratten New Yorks für seine Zwecke telepathisch steuert. Doch der Preis dafür ist hoch, denn er mutiert sich dabei selber zu einem Monster namens "Der Rattenkönig". Als Nächstes versucht er, Splinter unter seine Kontrolle zu bringen, was ihm vielleicht sogar gelingen könnte. Für die Turtles wird es diesmal also richtig, richtig ernst.
"Kampf den Kraang!": Die Turtles entdecken die Geheimzentrale der außerirdischen Eindringlinge. Und während sie sich den feindlichen Kraang zum Kampf stellen, bekommen sie es nebenbei auch noch mit neuen und alten Feinden zu tun - z. B. mit dem Rattenkönig, dem Kakerlaken-Terminator und dem verrückten Wissenschaftler Baxter Stockman, der ein für alle Mal auf Rache sinnt.
14. "Ein neues Mädchen ist in der Stadt": Weil er Raphs ständige Kritik satt hat, überlässt Leo seinem Bruder die Rolle als Anführer. Kurz darauf lernt er ein wunderschönes, aber auch gefährliches Ninja-Mädchen kennen.
15. "Das Geheime Alienprojekt": Als Aprils Schulprojekt die Aufmerksamkeit der Kraang auf sich zieht, müssen die Turtles ihnen eine Lehrstunde verpassen.
16. "Der Pulverizer": Nachdem Donatello aus Leatherheads altem U-Bahn-Waggon ein neues Turtles-Gefährt mit Kraang-Energiezellen-Antrieb gebaut hat, machen die Turtles eine Jungfernfahrt, die sie zu den Purple Dragons führt, die offenbar irgendwas gestohlen haben. Doch ehe die Turtles sich mit den Dragons anlegen können, taucht ein Fremder auf, der sich Pulverizer nennt und Fong und seine Bande bedroht. Leider ist dieser Pulverizer kein wirklicher Held und somit eher ein Hindernis als eine Hilfe für die Turtles, als es darum geht, nicht nur dem Diebstahl auf die Spur zu kommen, sondern auch, Raphael zu retten, der von Fishface vergiftet wurde.
17. "TCRI": Als sie in das Bürohochhaus der Firma TCRI eindringen, das Hauptquartier des Feindes, erfahren die Turtles die wahren Absichten der Kraang und beschließen, die Invasion der Aliens ein für alle Mal zu beenden.
18. "Der Kakerlaken-Terminator": Während die Turtles versuchen, einen Invasionsplan der Kraang zu vereiteln, werden sie von einer riesigen, unzerstörbaren Kakerlake verfolgt..
19. "Baxters Rache": Weil er es leid ist, von Fischface und Dogpound erniedrigt und von den Turtles besiegt zu werden, sinnt Baxter Stockman auf Rache, indem er seine Hassobjekte in ein tödliches Labyrinth lockt.
20. "Der Feind meines Feindes": Karai verbündet sich mit den Turtles im Kampf gegen eine neue Waffe der Kraang. Doch dieses Bündnis steht unter einem schlechten Stern.
"Showdown": Die Turtles entkommen nur knapp der Gehirnwäsche durch eine parasitäre Riesenwespe, stürmen ein Gefangenenlager der Kraang und treten in einer ultimativen Doppelfolge den alles entscheidenden ShowdownKampf an!
21. "Karais Rache": Shredder beauftragt Karai damit, April zu entführen. Und da die Turtles verhindern müssen, dass die Kraang das Wasser in New York vergiften, können sie April nicht helfen.
22. "Der Pulverizer kehrt zurück":Als Shredder den Plan ausheckt, eine furchterregende Mutantenarmee aufzustellen, lassen sich die Turtles notgedrungen von Pulverizer helfen, der als neuester Rekrut des Foot Clans Informationen liefern kann.
23. "Parasitenalarm": Als Leonardo, Raphael und Donatello unter die Kontrolle einer parasitären Wespe geraten, muss Michelangelo alles geben, um seine Brüder zu retten.
24. "Operation Ausbruch": Donatellos Versuch, Aprils Vater Kirby aus der Gefangenschaft der Kraang zu befreien, droht zu scheitern, weil Kirby zusammen mit einem tödlichen Mutanten eingesperrt wurde.
25. + 26."Showdown": Die Turtles müssen einen letzten, verzweifelten Versuch unternehmen, das Alienportal im TCRI-Gebäude zu vernichten, um so die Welt zu retten.Während die Turtles auch weiterhin alles geben, um die Menschheit zu retten, stellt sich Splinter seiner Vergangenheit und erfährt, wer Karai wirklich ist